北京儿童医院儿童保健中心成立于七十年代，2000年6月1日正式由保健科更名为儿童保健中心。中心拥有一支雄厚的专业队伍、完整的儿童保健服务内容和流畅的检测程序，是一家集挂号、缴费、检测和诊疗于一体的儿童保健机构。
北京儿童医院儿童保健中心设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育及精神发育测评、儿童营养评价，听力筛查、视力筛查、超声骨密度检查、超声骨龄检查、智力筛查、智力测评、0-1岁52项神经运动检查、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、微量元素测评、血常规测查、25羟维生素D检测、注意力测评与训练、孤独症测评、人体成分测查、早期发育训练、语言测评、语言障碍训练、保健咨询以及健康教育，儿童免疫规划等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。其中，小儿生长发育与营养、精神发育测评与早期干预是中心的工作重点及亮点。
北京儿童医院积极发挥学科龙 头作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。
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