医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授84人，博、硕士研究生导师64人，承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大中专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“扶助贫困儿童就医健康基金会”，组织职工为贫困患儿捐款;组织医疗骨干参加援疆援藏计划、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病患儿活动;举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的关爱。
经过多年的经验积累，各种小儿泌尿生殖系疾病的诊断和达到国内、国际先进水平。其中泌尿生殖系畸形中尿道下裂个体化积累上万例经验，一期手术修复成功率达80%以上，且外形美观;先天性肾积水肾盂输尿管吻合手术成功率95%以上。泌尿生殖系肿瘤中各种肾脏肿瘤病理类型的诊治积累了丰富的临床经验，其中肾母细胞瘤经手术、化疗及放疗等一系列综合长期生存率90%以上;横纹肌肉瘤及睾丸肿瘤也取得满意效果。泌尿生殖系创伤中外伤性后尿道断裂急症经会阴入路一期手术修复后尿道，明显缩短病程、减少并发症，陈旧性外伤性后尿道狭窄与闭锁经会阴修复或会阴联合耻骨入路修复积累了丰富经验，肾脏外伤特别是肾盂输尿管交接部断裂的诊治达国际水平。神经性膀胱功能障碍：根据尿流动力学改变选择适当，清洁间歇导尿和可控性尿流改道在保护患儿肾功能前提下获得排尿控制、提高生活质量。熟练应用腹腔镜微创手术：用于肾盂输尿管连接部梗阻、气膀胱手术、重复肾半肾切除、触摸不到的隐睾、精索静脉曲张、肾切除、前列腺囊切除等，使损伤减小、病程缩短、早期恢复正常活动。
北京儿童医院小儿泌尿外科注重开展国内外学术交流，同时是国内小儿泌尿外科专科医师培训基地。近些年在包括美国新英格兰杂志在内的国内外核心期刊发表论文350余篇。多次获得北京市和北京市卫生局科技进步奖。已完成或正在完成首都医学发展基金、卫生部重点支撑项目、跨世纪人才工程和十百千工程等多项科研项目。2012年获得国家自然科学基金支持，对尿道下裂的病因学进行了深入的研究。近年来获得专利近10项。